La première église érigée à Sainte-Engrâce au milieu du XIe siècle par les augustins fut rattachée en 1088 à l'abbaye bénédictine navarraise de Leyre, puis reconstruite.
Le sanctuaire, assez vaste, n'a pas beaucoup changé depuis le début du XIIe. Les grilles en fer de l'abside et des absidioles datant du XIVe siècle constituent le plus ancien mobilier, la plupart de ces ouvrages, jubés et autres clôtures, ayant presque tous été déposés à la Contre-Réforme.
Le mobilier en bois et les bâtiments monastiques (dont les murs extérieurs constituent désormais la clôture du cimetière) furent détruits durant les désordres religieux du XVIe. Au début du siècle suivant, l'église fut à nouveau meublée et reçut des retables en bois dorés.
Au mitan du XIXe siècle, l'édifice, alors classé aux Monuments historiques, bénéficie d'une restauration : les fenêtres des bas-côtés sont agrandies pour laisser entrer la lumière du jour, les chapiteaux sont rehaussés de couleurs, les parements intérieurs - débarrassés des enduits et peintures qui les recouvraient - sont revêtus de décor géométriques.
D'épais contreforts sont bâtis pour contenir la poussée des voûtes, abîmées par le ruissellement des eaux de pluies dû au mauvais état de la toiture.
SÉRÉNITÉ ET TOURMENTS
L'irrégularité et l'austérité du bâtiment s'accordent au paysage tourmenté des montagnes, tandis que l'intérieur dégage une grande sérénité grâce à la simplicité et à la clarté du plan.
La nef centrale, voûtée en plein cintre, se termine par un chœur en cul-de-four éclairé par les étroites fenêtres d'origine, les bas-côtés accueillant chacun une absidiole.
De généreuses piles cruciformes sont cantonnées de colonnes à chapiteaux, dont le décor sculpté évoque des scènes de l'Ancien et du Nouveau Testament (Vierge à l'enfant, Le Tombeau vide du Christ au matin de Pâques), ainsi que des thèmes plus triviaux (La Luxure).
Au centre du tympan du portail ouest (abîmé pendant la Révolution), figure un beau chrisme tenu par des anges.
En 2000, on repéra de nouvelles infiltrations d'eau provoquant des fissures dans les voûtes. La durée de vie d'une toiture en bois dans cette vallée au climat rude est d'environ un demi-siècle. Les moines avaient fondé leur prieuré sur le rocher : les fissures observées découlaient à la fois des infiltrations d'eau et des petits séismes qui affectent régulièrement la région.
collégiale sainte-engrâce (2020). Dans 101 sites et monuments qui racontent le pays basque .